La institución educativa tiene 34 años de servicio a los niños y jóvenes de la zona norte de la ciudad capital, y actualmente cuenta con una matrícula que supera los 650 alumnos, y un equipo de docentes comprometidos con la educación y la evangelización.

Reseña histórica 

El 13 de marzo de 1988, durante el Pontificado de Juan Pablo II, el Pbro. Lic. Ángel Mario Villagrán fundó el colegio que lleva su nombre, y le sirvió de inspiración una frase suya que decía: “El mejor ámbito de evangelización es la educación”. Así se propone construir una institución educativa con todos los niveles.

El proyecto del colegio Juan Pablo II fue un gran desafío y con la ayuda de muchas personas, este sueño se hizo realidad.

Su fundador abrazó los ideales del Papa Juan Pablo II, hoy santo. Quería una escuela para los más pobres, gratuita, premisa que se mantuvo durante los 18 años que el padre Villagrán estuvo a su cargo.

El Nivel Primario se inició con más de 125 alumnos y al año siguiente se incorporó el Nivel Inicial con cuatro salas de jardín de infantes, que albergaron a 100 alumnos. Recibían desayuno, almuerzo y merienda. En el año 2001 se crea el Nivel Polimodal (actualmente Nivel Secundario).

El colegio se destacó por tener la Escuela para Padres donde aprendían a educar a sus hijos en los valores, con talleres de reflexión y capacitación.

Sucedieron al Pbro. Lic. Ángel Mario Villagrán como representantes legales, el Prof. Juan Antonio Vera, el Pbro. Manuel Antonio Bulacio, el Pbro. Julio Ávalos y actualmente se encuentra abocado a esta función el Lic. Luis Alberto Herrera, y como Director General el Pbro. Marcelo Amaya, también párroco de Santa Rosa de Lima, en cuya jurisdicción se encuentra ubicado el colegio.